La costruzione della nuova chiesa parrocchiale di San Giacomo a Međugorje iniziò nel 1935. Tuttavia, con lo scoppio della Seconda Guerra Mondiale, i lavori, che avevano raggiunto un’altezza di 2,5 metri, si fermarono fino agli anni Sessanta. I lavori ripresero nel 1966 e furono completati nel 1969. La chiesa venne benedetta il 19 gennaio 1969, mentre gli interni furono ultimati nel 1980.
Con l’inizio delle apparizioni mariane, la chiesa subì ulteriori interventi: vennero aperte porte laterali, installati vetrate artistiche, nuove campane e un organo.
Durante la festa dell’Assunzione del 1987, furono collocate le vetrate progettate dall’artista Branimir Dorotić di Samobor. L’opera fu realizzata dalla rinomata ditta italiana Domus Dei di Roma. Le 28 superfici vetrate, per un totale di circa 64 m², raffigurano vividamente motivi biblici e moderni. Sulla destra, i vetri rappresentano episodi della vita della Vergine Maria, mentre sulla sinistra illustrano i principali messaggi mariani legati a Međugorje.
Il nuovo Via Crucis, opera dell’artista italiano Carmelo Puzzolo, fu collocato nella chiesa il Venerdì Santo del 13 aprile 1990.
Nel giugno del 1988, furono aggiunte altre quattro porte sulle navate laterali, in aggiunta alle tre già presenti sulla facciata della chiesa.
La chiesa di San Giacomo, con le sue opere d’arte e significativi interventi architettonici, è diventata un simbolo spirituale e culturale di Međugorje, accogliendo milioni di pellegrini da tutto il mondo.